本发明公开了一种虚端子自动关联方法、装置、系统及存储介质，属于换流站二次虚回路数据处理技术领域，方法包括：利用预获取的FastText模型对换流站中虚端子的特征信息进行编码，获取换流站中虚端子的特征编码；基于换流站中虚端子的特征编码，利用最长公共子序列匹配算法计算换流站中虚端子与标准虚端子的相似度，寻找换流站中虚端子与标准虚端子的最佳匹配关系；基于所述最佳匹配关系，构建标准虚端子连接表进行虚端子自动关联。该方法能够实现换流站二次回路中虚端子的自动关联，提高自动关联的准确性和效率。