本发明属于服务器加密通信技术领域，具体涉及一种加密通信方法、服务器及加密通信系统，当两台直连的密钥服务器进行通信时，首先通过源密钥服务器产生密钥，该密钥为密钥字符串；然后源密钥服务器通过字符串哈希算法对密钥字符串上的某区间计算其哈希值为整数N1；源密钥服务器再将整数N1、密钥字符串以及区间信息发送给目的密钥服务器；目的密钥服务器再根据获取的密钥字符串以及区间信息对接收到的密钥字符串选择其相同区间计算哈希值得到整数N2，对比N2和N1，若N2=N1，则源密钥服务器和目的密钥服务器之间的密钥协商成功，否则重新协商密钥；最后源密钥服务器和目的密钥服务器基于协商的密钥进行通信，该通信方法安全高效。