本发明提供通过数字PCR方法检测ALK融合基因的方法及其试剂盒，本发明方法包括确定TKD/IC阈值、NO/IC阈值和TKD/NO阈值，计算待测样本的TKD/IC、NO/IC和TKD/NO，从而确定待测样本中ALK基因是否是ALK融合基因。本发明方法一方面克服了仅使用TKD/IC检测参数可能会误将ALK基因扩增造成的ALK RNA表达量升高误判为假阳性的情况；另一方面也解决了仅使用TKD/NO检测参数时，由于NO表达为0时无法判读的问题。