本发明涉及生物数据分析领域，公开了一种基于流式单分子检测的数字化分析方法及装置，该方法采用流式细胞仪获取免疫反应后样本的荧光信号，得到样本散点图；根据阴阳性阈值，将样本散点图划分为至少Q3、Q4共2个区域；根据特定逻辑计算拟合参数AEB，根据样本浓度、拟合参数AEB，拟合得到用于样本浓度计算的校准曲线。本发明在现有的采用流式检测技术进行单分子分析的方法的基础上，扩大了流式单分子检测技术的分析范围，使检测的结果的稳定性更好，通过算法的推导建立了新的算法即公式；同时也建立了一种通过数据计算建立流式单分子阴阳性判定阈值的方法。