本发明提供一种气垫船进坞辅助控制方法及系统，涉及船舶运动控制技术领域，所述方法包括：根据全垫升气垫船的执行机构的装置布局，得到全垫升气垫船的运动数学模型再结合执行机构的当前状态的运动参数，得到全垫升气垫船的执行机构的操作策略；根据当前速度，确定全垫升气垫船分别在中高速航行状态和低速航行状态下执行机构的操作策略对应的权重系数；通过预设的强化学习网络对操作策略的权重系数进行迭代，得到全垫升气垫船在任务工况下的最优动作序列；并根据最优动作序列，引导全垫升气垫船进坞。本发明通过强化学习得到最优动作序列以辅助全垫升气垫船的进坞操作，提高全垫升气垫船航行的稳定性以及控制精度。