本发明提供了一种基于多目标优化的电氢热电联供系统参数配置方法及系统，包括获取待优化的电氢热电联供系统的固有参数；基于固有参数，采用多目标遗传算法优化求解预设的多目标函数，得到初始系统待配置参数最优解集合；对初始系统待配置参数最优解集合进行帕累托前沿分析和统计分析，得到系统待配置参数最优解；其中，预设的多目标函数包括成本目标函数和能效目标函数；成本目标函数根据系统能量供给侧固定成本、系统用户侧固定成本和系统运行成本加和设定；通过考虑到用户侧相应的设备参数配置，并对成本和能效多个目标开展系统各设备参数配置分析，实现综合考虑多方面的系统参数配置优化，助力系统设备配置设计实现经济性与能效的平衡。