本发明公开了一种蓄洪区进退洪协同调度方法，包括：(1)确定蓄洪区分洪规模；(2)蓄洪区的进洪方式采用建闸进洪，退洪方式采用开闸退洪和关闸泵站抽排；(3)确定进洪闸和退洪闸的位置；(4)根据蓄洪区的现状地形地貌，遵循最小工程量原则，对蓄洪区进行生态湿地构建，并筛选出具净化能力且耐水淹的植物进行配置；(5)蓄洪区根据实际需要，选择运行进洪工况，退洪工况或湿地运行工况。本发明方法可减缓蓄洪区的生态湿地功能和蓄洪功能的相互影响，在蓄洪区所在流域发生超标准洪水时，发挥蓄洪功能；在未发生超标准洪水时，发挥生态湿地功能。