本申请涉及一种双馈可变速抽水蓄能机组协同控制系统及其控制方法，涉及抽水蓄能技术领域，系统中设置有机组协同控制器，以及与机组协同控制器分别通信连接的机组监控系统、调速器控制器和交流励磁调节器，且设置机组协同控制器包括第一控制器、第二控制器、人机交互模块、第一交换机和变送器，第一控制器、第二控制器和人机交互模块均与第一交换机电连接，变送器分别与第一控制器和第二控制器电连接，第一控制器和第二控制器通过冗余光纤连接；其中，第一控制器和第二控制器分时工作；通过上述结构的双馈可变速抽水蓄能机组协同控制系统，能够改善机组发电工况运行状态、并使水泵工况负荷可调，从而满足水力发电系统中频繁改变转速和开度的需求。