本申请提供了电力系统通信的网络安全防护方法及系统，涉及电力系统通信安全防护技术领域，该方法包括：获取原始通信信息明文数据；在原始通信信息明文数据中随机抽取若干个数据片段,并在剩余数据中对应标记抽取出的数据片段对应的位置，将抽取出的若干个数据片段组合排列以作为数据头部，同时记录若干个数据片段的组合排列顺序信息，将剩余数据作为数据主体；将组合排列顺序信息与数据头部分别进行加密，将加密后的组合排列顺序信息并入至加密后的数据头部中，以得到重组的数据头部；对重组的数据头部与数据主体进行组合。本申请的方法能够对实现快速且安全的加密，能够在保证电力系统通信安全性的基础之上，有效地提升数据的加密及传输效率。