本发明属于海洋岩土工程材料领域，公开了一种水工结构防冲刷生物复合三元体系固化土及其制备方法。本发明的固化土按重量份数计包含填充料1000份、固化剂61‑90份、生物稳定剂4‑7份、矿粉10‑14份、粉煤灰6‑8份和外加剂0.8‑4份；其中，所述填充料为淤泥，固化剂中包含硅酸盐水泥、硫铝酸盐水泥和石膏，生物稳定剂中包含巴氏芽孢杆菌泥和尿素，外加剂为减水剂和抗分散剂。该固化土以普通硅酸盐水泥、硫铝酸盐水泥、石膏三元体系为基础，通过添加环保新型生物稳定剂提升了钙矾石含量和固化土强度，通过添加矿物掺合料粉煤灰和矿粉增强了抗盐卤离子侵蚀能力，解决了固化土在海洋环境物理冲刷与盐卤离子侵蚀下力学性能损失严重的问题，改善了固化土的体积稳定性。