本发明属于微生物技术领域，涉及一种抗病促生合成菌群、含有该菌群的全元生物有机肥及其制备方法和应用。本发明的菌群由巨大芽孢杆菌、胶冻样芽孢杆菌、贝莱斯芽孢杆菌菌粉PEB23、侧孢短芽孢杆菌菌粉HMI‑23、娄彻氏链霉菌TB4、硝基还原假单胞菌PEB40构成。本发明所述全元生物有机肥包含上述抗病促生合成菌群、有机肥、无机复合肥、氨基酸。本发明肥料兼有有机肥、无机肥、微生物肥、氨基酸肥的优点，能提高肥料利用率，减少化肥用量，增加土壤有机质，促进蔬菜根际微生物繁殖，改善土壤理化性质和生物活性，为蔬菜生长提供全面、均衡营养，并降低土传病害发生程度，使蔬菜产量和品质得到提升。