本发明涉及奶山羊基因组SNP标记筛选方法技术领域，且公开了一种奶山羊基因组SNP标记筛选方法，通过奶山羊SNP分子标记多态性流程首先命名为A/G，假设对应SEQ ID NO.1所示序列第3152468124bp处，通过SEQ ID NO.2的所示的引物PCR扩增得到，提取待测山羊基因组DNA，以其为模板，放入诊断试剂盒内，利用诊断试剂盒内的正向引物：5’‑CTCAGTTCCATCACGG GGTC‑3’和反向引物：5’‑CTGCGAAAGGTGTGTGTTCC‑3’形成的特异性引物进行PCR扩增反应，通过PCR扩增反应获得扩增产物片段，在检测扩增产物片段的第219bp处的碱基种类后，若碱基种类为A，则待测奶山羊泌乳能力较强，其为奶用山羊，若碱基种类为G，则判定待测山羊泌乳能力差，为非奶用山羊，而结束筛选就可得出哪一种为可奶用山羊，哪一种为非可奶用山羊。