本发明涉及鱼类养殖技术领域，且公开了一种淡水鱼寄生虫检测系统及方法，包括多维检测模块、应变分析模块和防控管理模块。该淡水鱼寄生虫检测系统通过多维检测模块采集检测环境数据集和生长数据集，样本检测单元采集参考数据集后，计算样本风险系数#imgabs0#，不解剖鱼体的情况下实现多维度检测，统计感染风险系数耗时短效率高，应变分析模块匹配分析出已知感染数据组#imgabs1#和未知感染数据组#imgabs2#，突出影响感染的已知关键因素和未知感染数据，防控管理模块对应生成管理报告，已知寄生虫种类检测准确性高，已知和未知感染同时存在的情况下，应变管理优先于防控管理，便于进一步解剖分析病因，应变检测响应更及时。