本发明公开了一种基于水文水动力学模型的平原河网地区洪涝灾害预报预警方法及系统。其首先从水文资料中提取被监控站点集合的降雨量的集合，接着，构造所述被监控站点集合的站点间空间拓扑矩阵，然后，对所述降雨量的集合进行时序排列和特征分析以得到全域降雨量关联特征向量，接着，对所述站点间空间拓扑矩阵进行空间分布特征提取以得到站点间空间拓扑特征矩阵，然后，使用基于深度神经网络的水文水动力学模型对所述站点间空间拓扑特征矩阵和所述全域降雨量关联特征向量进行处理以得到水文动力学语义特征，最后，基于所述水文动力学语义特征，确定洪涝灾害预警等级标签。这样，可以提高洪涝灾害预警的准确性和可靠性，减小洪涝灾害危害。