本发明公开了一种基于三层模型的配‑微协同规划方法及系统，其中方法包括：构建上层优化配置层，基于智能算法生成多个配‑微协同规划方案，基于容量规模与经济成本信息构建配‑微系统规划的年度综合成本模型，确定配网各设备和微电网的容量和运行特性信息，并发送至中间运行优化层；构建中间运行优化层，基于微电网运行优化模型计算微电网电源、负荷、储能以及微电网的对外特性以及运行优化结果，并将对外特性和运行优化结果发送至底部互联互济层；构建底部互联互济层，在考虑各微网之间互济能力后的各微电网的对外特征以及运行数据发送至上层优化配置层；通过上层优化配置层根据底部互联互济层计算各种配‑微协同规划方案的综合年度成本。