本发明公开了一种基于机械臂关节伺服系统的多模态主动振动抑制方法。方法包括：对机械臂关节伺服系统的关节伺服电机实施速度环与电流环PI控制和最大转矩电流比控制；在速度环控制频率下，根据实际系统与理想无振动系统转速获得系统转速误差；建立振动曲线模型，将多模态频率和电机角速度输入，输出系统在不同模态下的振动曲线；建立自适应振动补偿模型，将转速误差和振动曲线输入，输出系统多模态下的振动补偿量，将振动补偿量叠加并前馈到速度环输出指令中，能够实现多模态的主动振动抑制。本发明能够对弹性传动元件以及柔性连杆导致的机械臂关节伺服系统振动实现主动振动抑制，同时补偿多个模态的振动，具有更快的响应速度以及更小的速度过冲。