本发明公开了一种特殊走向行迹线三维表达与数据存储方法，所述方法包括以下内容：勘察设计数据检查与坐标系配准；特殊走向行迹线转为点要素；依据属性将点要素转为3D点集；特殊走向行迹线三维表达；数据处理与存储。本发明基于二维的平面布置图与剖面图等勘察设计数据，将地下的交通隧道、水利管网或地下河岩溶通道等特殊的三维走向行迹线转换为内含三维属性信息的点集，从而实现特殊三维走向行迹线有效表达与数据存储，对于地下工程勘察设计与数据存储具有重要的理论意义和应用价值。