本发明公开了一种考虑碳交易效益的运行经济性的综合能源系统运行优化方法，涉及低碳减排技术领域。包括：S1数据获取步骤：获取燃气机组数据以及用户用电历史数据；S2能源利用优化步骤：基于S1中的获取建立综合能源系统；S3碳交易步骤：基于碳交易机制建立综合能源系统低碳经济调度模型；S4综合能源系统优化步骤：考虑系统总运行成本，建立目标函数，以总运行成本最低为目标函数进行优化；S5仿真验证步骤：通过对综合能源系统的仿真分析，验证所提出的方案在实际运行中的合理性和有效性。本发明兼顾低碳性和经济性，可以提高燃气机组的运行调节能力与电转气设备的运行潜力，提升系统的运行效益，有效降低环境污染与制氧能耗。