本发明公开了一种强非均质性碎屑岩储层的含水饱和度定量评估方法。该方法包括：根据储层的岩心物性测试资料获得其质量指数RQI及岩心流动指数FZI；通过对RQI及FZI的交会图分析及压汞曲线，将储层划分为不同的流动单元；将各流动单元的储层毛细管力转换为地层毛细管力，并结合相渗曲线及含水饱和度，获得不同含水情况下的地层毛细管力对应的液柱高度，从而计算出流动单元中的气水过渡带并建立不同流动单元的含水饱和度相关关系，获得其三维可视化模型。本发明可有效结合岩心物性、压汞、相渗等相关参数，得到准确的强非均质性碎屑岩储层的含水饱和度三维可视化模型，为强非均质性碎屑岩开发挖潜提供了技术支撑。