本发明提供一种高温气冷堆燃料元件换料控制方法及相关装置，属于高温气冷堆技术领域。燃料装卸系统包括第一列管路和第二列管路，方法包括：启动第一列管路中的新燃料装入逻辑、石墨球卸出逻辑、以及第二列管路中的燃料元件循环逻辑；对第一列管路中装入的新燃料进行计数，得到n1；对第一列管路中卸出的石墨球进行计数，得到n2；对第二列管路中循环的燃料元件进行计数，得到n5；根据n1、n2、n5以及对应的预设阈值，控制第一列管路中的新燃料装入逻辑、石墨球卸出逻辑、以及第二列管路中的燃料元件循环逻辑的启停；当判断出现第一个燃料球时，停止当前所有的处理逻辑。本发明中两列管路都能够不间歇运转，提高了换料效率。