本发明公开了一种新能源送出系统的过电压抑制方法、系统和存储介质，首先根据新能源送出系统的设备参数，建立电磁暂态仿真模型，基于模型确定新能源送出系统的过电压超标位置。然后针对最严重的过电压超标位置确定过电压抑制装置的参数。其次在进行抑制装置配置时，根据不同位置的安装效果开展仿真，在过电压水平最高的超标位置安装，通过模型仿真计算系统的过电压水平后，如仍有超标的位置，继续在剩余的超标位置中过电压最高的位置安装，直至所有位置均不超标。最后确定系统的过电压抑制方案，并根据过电压抑制方案对系统进行过电压抑制。本发明能够快速响应新能源送出系统的瞬态和暂时过电压，保障设备安全，避免新能源脱网。