本申请公开了一种不依赖外部时钟的多数据源同步输出校准方法及系统，涉及智能变电站设备测试领域。技术方案具体包括：获取晶振在第一时刻的标准时间步长内的理论时钟数量和实际时钟数量，标准时间步长是基于标准时钟源确定的，理论时钟数量是根据晶振的频率和标准时间步长计算得到的，实际时钟数量是在标准时间步长内对晶振的时钟周期进行实际测量得到的；基于理论时钟数量和实际时钟数量计算抖动误差，基于抖动误差对第二时刻的标准时间步长内的时钟周期进行补偿，以完成时钟校准，第二时刻和第一时刻是预设时间步长内的不同时刻，第二时刻大于第一时刻。如此，可以对设备时钟周期进行校准。