本发明公开了一种滑轨CT引导加速器治疗系统及其治疗方法，它属于医疗器械领域，其通过CT与加速器共用一个治疗床，实现患者的一次摆位，复位，治疗的过程，减少了多次摆位带来的影响，消除的了不同床差异带来的误差；智能摆位辅助系统可通过患者体位信息实时监测患者位置，保证治疗过程中的位置准确性，提高治疗过程中的位置精度。它主要包括CT和加速器，CT和加速器之间还设有治疗床，治疗床为中心旋转式治疗床，CT安装于移动机构上，CT的运动中轴线、治疗床的旋转中心及加速器中心共线；还包括智能摆位辅助系统，智能摆位辅助系统包括设置于治疗床一侧的摆位辅助装置及布置在治疗床的床板底部的感应装置。本发明主要用于放射治疗。