本发明涉及水质杀菌阻垢技术领域，具体公开基于膜壳利用变频电磁场杀菌阻垢监测方法及系统，该方法包括：对纳滤系统处理的工业循环水进行检测，分析得到纳滤系统水处理程度评估值，并根据纳滤系统水处理程度评估值对变频电磁场进行频率调节和强度调节；纳滤系统的工业循环水处理结果进行检测分析，对膜系统的膜壳内壁结垢倾向和膜性能进行监测。本发明通过系统化的评估与处理工业循环水，精确了解变频电磁场在防止结垢和杀菌消毒等方面的效率，进而调整电磁场参数，以实现最佳处理效果，提高循环水系统的运行效率和稳定性，同时通过电磁场进行杀菌阻垢可以合理配置资源，减少化学药剂的使用，降低处理成本。