本发明涉及油气管道防腐技术领域，尤其涉及一种阴极保护系统运行智能调控方法、系统及电子设备。方法包括：建立各恒电位仪与对应保护管段内电位监测点的分组关系；遍历对应保护管段内各电位监测点的极化电位，如极化电位满足触发条件，则对当前恒电位仪启动智能调控；根据特殊电位监测点的极化电位和阴极极化调控关系曲线，得到对应保护管段阴极极化调控所需的电流区间；根据电流区间对当前恒电位仪进行循环调控，直至对应保护管段内所有电位监测点的极化电位均满足阴极保护电位准则。本发明可实现恒电位仪输出的远程自动调控与管理，调控过程高效，调控结果具有高可控性和可靠性；无需开展现场检测，极大节约了成本，且适用范围广泛。