本公开提供了一种煤炭反顺序充填开采方法及系统，涉及煤炭开采技术领域，具体实现方案为：将待开采煤矿分成下位煤层和上位煤层；采用开采充填交替循环方式，对下位煤层进行第一距离的开采以形成第一采空区；根据第一采空区的待填充量信息，采用地面填充材料制备装置制备的膏体填充材料对第一采空区进行膏体充填，或者，采用地面填充材料制备装置和井下填充材料制备装置联合制备的膏体填充材料对第一采空区进行膏体充填；在下位煤层开采充填完成后，采用开采充填交替循环方式，对上位煤层进行第二距离的开采以形成第二采空区；根据第二采空区的待填充量信息，采用井下填充材料制备装置制备的固体填充材料对第二采空区进行充填。