本发明公开了基于页岩纹层表征的水平渗透率计算方法、系统及设备，计算方法包括：S1，获取气井的电成像测井数据和综合测井数据；采集气井不同深度下的岩心样品，测量得到岩心水平渗透率；S2，根据电成像测井数据得到第一电阻率，对第一电阻率进行数据处理得到第二电阻率；S3，选取与岩心水平渗透率相关的测井曲线作为第一相关数据，将第二电阻率取一阶导数得到第二相关数据；S4，建立学习数据集，将学习数据集利用机器学习算法建立水平渗透率计算模型，学习结束后确定水平渗透率计算模型，获得页岩水平渗透率。本发明为纵向非均质较强海相、陆相页岩、砂泥岩互层地层在纵向连续的水平渗透率，对精细化优选靶窗位置提供更多参考依据。