本发明提供一种基于地质变形分析的特长隧道快速掘进方法及系统，其中，方法包括：构建隧道变形分析的有限元分析模型；获取待掘进截面的监测数据；根据有限元分析模型的分析结果和监测数据，确定预留变形量；根据所述预留变形量，确定掘进截面区域。本发明的地质变形分析的特长隧道快速掘进方法及系统，基于隧道变形的有限元分析，结合现场实际监控量测数据，在保证隧道质量的前提下可以将原预留变形量进一步缩短，不但减少了隧道每循环出渣量，缩短了出渣时间，进一步提高了掘进效率，而且降低了回填成本。