本申请公开了一种配网运行缺失数据填充方法、装置、设备及存储介质，方法包括：基于配电网运行的不完整运行数据生成对应的掩码矩阵和延时矩阵，不完整运行数据包括电压幅值、电压相角、电流幅值、有功功率和无功功率；根据不完整运行数据、掩码矩阵和延时矩阵对初始对抗生成网络进行数据生成对抗训练，得到优化对抗生成网络，初始对抗生成网络基于双向门控循环单元构建；采用优化对抗生成网络对目标缺失数据进行缺失数据生成，得到填充运行数据。本申请能够解决现有数据生成机制效率太低，且未考虑数据时空效应的影响，还存在模型准确性问题，导致实际的数据填充效果较差的技术问题。