本发明公开了一种基于深度学习嵌入的水下目标检测方法及系统，该方法包括：获取待检测水下目标数据；引入Transformer编码器与动态非单调聚焦机制Wise‑IoU边框损失函数，构建深度学习水下目标检测网络；基于深度学习水下目标检测网络对待检测水下目标数据进行目标检测处理，得到水下目标检测结果。该模块包括：获取模块、构建模块和检测模块。本发明能够提高深度学习水下目标检测网络对水下微小目标的检测精度与检测速度。本发明作为一种基于深度学习嵌入的水下目标检测方法及系统，可广泛应用于水下目标检测技术领域。