本发明提供一种基于高频阻抗的柔性直流系统纵联保护方法及装置，属于电力系统继电保护技术领域。该方法包括：当检测到两端柔性直流线路发生故障时，获取直流线路的电压、电流、以及直流线路两端换流站的交流电流和电压调制波；基于直流线路的电压、电流、以及直流线路两端换流站的交流电流和电压调制波，提取电压和电流的高频分量，确定直流线路的目标端口的高频阻抗匹配系数；基于故障识别判据和所有目标端口的高频阻抗匹配系数，确定直流线路发生故障的区域；当确定发生区内故障时，则基于直流线路两端的故障选极系数和选极判据，确定直流线路的故障极，并对故障极的线路进行保护。本发明能够快速准确地进行故障识别。