本发明公开了一种时钟同步系统和方法，应用于嵌入式集成系统或装置中，包括数据总线、时钟同步信号线、一个对时子系统和至少一个同步子系统；由对时子系统接收外部时钟源信号，实现对时子系统与外部时钟源信号的时钟同步，并通过数据总线周期性地给同步子系统发送日历时间，通过时钟同步信号线给同步子系统发送秒脉冲信号。同步子系统通过数据总线接收日历时间，通过时钟同步信号线获取秒脉冲信号，实现本子系统的时间同步。本发明简化了嵌入式集成系统各子系统间时钟同步的复杂度，提高了系统的可扩展性。