本申请提供一种核酸含量检测方法及PCR检测系统，应用于包括扩增装置、实时荧光检测装置、微滴转移转置及微滴阅读分析装置的PCR检测系统。通过扩增装置对反应单元进行热循环处理；在待检测样本待进行实时荧光定量PCR检测的情况下，通过实时荧光定量检测装置对处于热循环中的反应单元进行荧光定量检测分析，得到待检测样本中的核酸含量；在待检测样本待进行数字PCR检测的情况下，通过微滴转移装置将反应单元中由混合物分散形成的多个微滴转移至微滴阅读分析装置；通过微滴阅读分析装置对微滴进行微滴阅读分析，得到待检测样本中的核酸含量。既可实现实时荧光定量PCR检测，又可实现数字PCR检测，提高检测效率、精度及灵活性。