本发明属于分子生物技术和分子标记技术领域，具体涉及一种与牦牛乳密度、乳脂肪含量相关的SNP位点及应用。所述SNP位点位于牦牛参考基因组Bosgu_v3.0版本Ensemble登录号为ENSBGRG00000003042的第5号染色体的第13729718位，突变碱基为C或T。本发明还提供了检测上述SNP位点的试剂在检测牦牛乳密度、乳脂肪含量辅助育种中的应用，该分子标记可应用于牦牛乳密度、乳脂肪含量性状辅助选择，检测方法快速、准确；通过筛选该SNP分子标记的基因型能够加快对牦牛乳密度、乳脂肪含量性状选择的准确性和有效性，提高牦牛养殖的经济效益。