本发明提供了一种医疗数据组装系统，用于实现如下步骤：基于用户输入的查询关键词，从I中获取对应的医疗数据，得到查询数据记录表A；获取用户输入的目标元数据结构表T以及对应的组装规则描述文本集Q；对任一组装规则描述文本Qr中的第一描述文本进行预处理，得到对应的第一处理文本PT1r；对PT1r中的每个词进行语义标注，得到对应的第二处理文本PT2r；基于PT2r生成对应的语法分析树PTEr，并基于PTEr、T和I获取ATr对应的查询语句QSr；基于QSr，从T中获取对应的数据作为T中的第r个字段对应的字段值FVr。本发明能够提高医疗数据的组装效率和质量。