本发明公开了一种基于自然资源资产的生态价值评估方法及系统，涉及生态系统技术领域，该方案的技术要点：通过可再生资源的当前周期的资源量和上一周期的资源量，计算获得稳定性因子，通过每个环境因素对自然资源再生能力的重要程度建立矩阵，确定各个环境因素的权重，进行加权求和计算获得环境条件因子，通过可再生资源的周期性增长量、稳定性因子以及环境条件因子，计算获得可再生能力指数，通过自然资源的可再生能力指数对自然资源资产的综合生态价值，计算获得区域内若干个自然资源资产的总生态价值，通过计算不同区域内的总生态价值并进行排序，从大到小优先进行保护和管理，准确反映自然资源资产的真实价值。