本发明提供了一种基于作物生育期表型及其区域适应性的定量预测方法、系统及装置，定量预测方法包括：S1、获取与待测作物相关的数据，数据包括多个不同种植环境下记录的作物品种信息、生育期观测数据、气象数据、管理措施数据及QTN标记位点数据；S2、根据数据和作物模型确定品种参数校正值；S3、根据QTN标记位点数据、品种参数校正值和全基因组关联分析算法确定满足要求的QTN标记位点数据和品种参数校正值；S4、根据满足要求的QTN标记位点数据和品种参数校正值计算品种参数模拟值；S5、根据气象数据、管理措施数据、品种参数模拟值和作物模型计算生育期模拟数据。本发明能够实现不依赖人工观测的多基因型作物生育期表型的精确预测。