本发明公开了一种变流器多机并联控制系统及其控制方法。系统包括一台协调控制器和多台主控制器，每台主控制器分别对应控制一台变流器；每台主控制器与协调控制器之间建立主通讯回路；每台主控制器与相邻控制器之间建立备用通讯回路；在协调控制器中主要进行控制外环数据计算模块和功能模式选择，在主控制器中主要进行控制内环数据计算和PWM控制；当主通讯回路通讯正常时，信息交互通过主通讯回路进行；当一台主控制器与协调控制器间发生通讯故障时，该主控制器切换至备用通讯回路，通过其相邻的主控制器与协调控制器的信息进行交互，实现通讯信息的转发。本发明有效保障了变流器多机并联系统的稳定性、一致性和运行可靠性。