本发明公开了一种高腐殖度的微生物肥料及其制备方法，属于微生物肥料技术领域，将混合载体、保护剂和发酵液按照比例加入搅拌釜中，振荡吸附，过滤，鼓风干燥至吸水树脂粉末的含水率为30‑35％，采用造粒机连续造粒，筛分，得到粒径为2‑5mm的菌剂颗粒；将菌剂颗粒和腐殖酸钠按照1‑2：10的质量比搅拌混合，得到高腐殖度的微生物肥料；团聚的短纤维在保护剂的粘合作用以及物理纠缠作用下，增加菌剂颗粒内部空间的同时能够提高结构的稳定性，可以为微生物提供稳定的生长、繁殖环境，提高肥料长时间保存以及施用后微生物的存活率；膨大的菌剂颗粒起到支撑作用，可以增加土壤的疏松程度，为作物根系提供良好的呼吸环境。