本发明公开了一种水稻低直链淀粉含量Wx‑yg基因的分子标记及其应用，所述分子标记包括第一引物和第二引物；所述第一引物的序列为：SEQ ID NO.1；所述第二引物的序列为：SEQ ID NO.2；其中，所述SEQ ID NO.1为：CACGGGTTCCAGGGCCTCAAG；所述SEQ ID NO.2为：TGCCACGCTGCACCGACCGCT。本发明水稻等位变异位点Wx‑yg基因分子标记，可以快速、有效的区分水稻中是否含有Wx‑yg基因，从而显著提高对杂交后代基因型的选择效率，加速水稻品质改良育种的进程。