本发明公开了一种抽水蓄能机组的运行调节方法、装置和存储介质，涉及抽水蓄能领域，该方法包括：根据抽水蓄能机组的关联调节参数，确定当前调节任务的调节阶段；其中，关联调节参数包括导叶打开程度和进水球阀打开程度；若确定当前调节任务位于关联调节阶段，根据当前水锤压力和最大安全水锤压力配置导叶关闭速度，并根据当前水锤压力、最大安全水锤压力和导叶关闭速度，配置进水球阀关闭速度。本发明实施例的技术方案，提升了抽水蓄能机组的运行调节效果，不但避免了导叶和进水球阀的关闭耗时过长，提升了抽水蓄能机组的运行调节效率，而且避免了导叶和进水球阀的关闭速度过快导致水锤压力过大的现象发生，确保了抽水蓄能机组的运行安全。