本申请涉及一种防水卷材搭接缝施工质量检测方法及系统，属于建筑施工检测技术领域。检测方法包括：接收雷达探测组件探测到的不同探测点的雷达探测信号，得到实测接收信号；对各个探测点的雷达探测信号进行模拟重构，得到模拟接收信号；根据实测接收信号和模拟接收信号构造代价函数，基于预设优化算法进行迭代，直到达到最大迭代次数或满足适应度阈值，输出最优模拟接收信号；确定各个探测点的介质层数和每一介质层的时间厚度；判断搭接缝部位是否存在空鼓层，若是，则输出质量异常检测信号；若否，则根据各个探测点的每一介质层的时间厚度和各个探测点的间距，得到待检测部位的搭接缝宽度。本申请能够实现对搭接缝宽度和紧密程度的准确检测。