本发明公开了非饱和土有效应力系数的颗粒尺度计算方法及系统，方法包括以下步骤：获取两等径颗粒间的胶结物尺寸信息、液桥颈部信息和液桥外轮廓信息；根据所述胶结物尺寸信息、液桥颈部信息和所述液桥外轮廓信息计算非饱和土有效应力系数。本发明摒弃了以往以宏观土体为研究对象的研究思路，以细观两等径颗粒为研究对象，考虑了颗粒间胶结物体积以及液桥体积的变化对有效应力系数的影响，从颗粒力学角度给出了非饱和土有效应力系数的计算方法，揭示了有效应力系数变化的内在物理机制。