本发明公开了基于环流的飞轮储能用永磁同步电机偏心故障诊断方法，包括以下步骤：S1：从永磁同步电机中引出A、B、C三相绕组接入变频器，A相绕组分为两支路A1与A2，两支路分别穿过电流互感器；S2：两支路电流数据输入至采集仪；S3：计算机获取两支路电流时域信号并进行信号处理；S4：将两支路电流时域信号做差得到A相并联支路环流；S5：将做差后数据进行短时傅里叶变换或小波变换，输出环流频域信号；S6：通过频域信号确定电机是否发生偏心故障及偏心故障类型与程度。本发明通过环流频域信号确定偏心类型与程度，检测步骤简单、结果可靠有效，为永磁电机偏心故障检测提供辅助手段，对飞轮储能系统的健康监测具有重要意义。