本发明提供了一种恢复PCIe配置空间的方法和装置，该方法包括：将PCIe存储设备与存储服务器建立PCIe链路，并等待存储服务器向PCIe存储设备下发初始化命令，当接收初始化命令时，利用虚拟状态机将PCIe存储设备的配置空间的值备份到PCIe存储设备配置空间的影子空间中；如果存储服务器检测到PCIe链路发生异常，则向PCIe存储设备发起热复位，通过虚拟状态机向PCIe存储设备发送中断，以将PCIe存储设备配置空间的影子空间的值恢复到PCIe存储设备的配置空间中。本发明的技术方案提高了PCIe存储系统可靠性，同时降低了系统设计的复杂度。