本发明公开了一种用于GIS变电站电磁瞬态过程对设备耦合骚扰的建模方法和系统，包括：建立GIS变电站电磁瞬态过程经互感器传导、经TEV传导和经空间电磁场感应的不同路径之间的耦合关系；根据所述耦合关系，对交流回路端口，以互感器电磁瞬态为集总激励、二次电缆屏蔽层电磁瞬态为分布激励的交流回路耦合骚扰传输线模型；根据所述耦合关系，对开入、开出和电源回路，以电缆屏蔽层电磁瞬态为分布激励的开入、开出和电源回路耦合骚扰传输线模型，由所述交流回路耦合骚扰传输线模型和开入、开出和电源回路耦合骚扰传输线模型共同构成多路径耦合骚扰传输线模型，解决按单一路径分别计算无法得到耦合骚扰完整特性的问题。