本发明涉及一种考虑电能质量的新型电力系统多层协同调度方法和装置，包括将目标电网中新能源场站的运行数据和微电网的运行数据输入新型电力系统多层协同调度模型中的上层优化调度模型，得到上层优化调度模型的优化结果；将上层优化调度模型的优化结果、电价配置信息、可控负载节点的运行数据和微电网的运行数据输入所述新型电力系统多层协同调度模型中的下层优化调度模型中，得到所述目标电网的电力系统调度方案。本发明提升了电网调度的电能质量，减少了因调度方案出现电压闪变等情况，从而导致电网供电设备故障的问题。本发明还涉及一种设备和存储介质。