本发明提供了一种磁悬浮ORC低温发电控制方法及系统，基于分数阶PID和模型预测实现，包括：S1：建立ORC设备各组成部分的静态位置关系；S2：建立透平膨胀机的转速预测模型；S3：建立发电机的电压预测模型；S4：在整流器中加入电流环PI控制器和电压环分数阶PID控制器；S5：通过传感器获取透平机的参数数据，代入转速预测模型获取膨胀机的转速预测结果；S6：获取电压预测结果，通过调节整流器内的电流环PI控制器和电压环分数阶PID控制器的控制参数对电压预测结果进行调控，输出调控电压。本发明通过动态调节整流器内部控制器参数，提高ORC系统在变工况下的适应能力，保证其运行的稳定性。