本发明公开了一种基于时序和空间分布的蓝藻预测方法及系统，属于蓝藻防控的技术领域。包括：实时获取蓝藻在水体中的基础生物量信息，在线获取湖泊‑水库的气象预报数据；创建蓝藻水华迁移聚集模型，将基础生物量信息和气象预报数据作为输入，经蓝藻水华迁移聚集模型输出预测值；根据预测值判断未来时间段内是否存在蓝藻水华：若存在，基于预测值生成蓝藻水华预报信息，生成蓝藻防控策略，并将所述蓝藻水华预报信息进行可视化展示，滚动预报藻水华的生成时序、空间分布和发展趋势。本发明有效提前给出蓝藻水华出现的概率和出现的空间，为蓝藻水华处置提供了有力的工具，并在及时处理、高效打捞、节约成本等发面发挥了突出的效果。