本发明提供了一种玉米杂种优势类群分析方法，属于基因组学技术领域。本发明提供的玉米杂种优势类群分析方法，包括如下步骤：对玉米材料进行基因分型分析，筛选出最小等位基因频率0.2以上，位点没有缺失的SNP分子标记；将上述玉米材料SNP分子标记的Plink格式作为输入文件输入LEA程序包，采用基于R语言的群体结构分析LEA程序包进行玉米材料的群体结构分析，将玉米材料分成不同的类群；采用线性判别分析方法获得线性判别函数，依据待测样本与线性判别函数之间的相似程度获得待测样本的归属分类。本发明提供的分析方法将SNP分子标记与判别分析相结合，应用于玉米类群的划分，具有操作简单，实用性强和效率高的优势。